Микробиологичната част на лабораторията е изградена на база спазване принципите за работа в микробиологична лаборатория, заложени в стандарт БДС EN ISO 21148.
Има особени: помещение за приемане, съхранение, подготовка на пробите; помещение за подготовка и стерилизация на хранителни среди и стъклария; класически бокс за провеждане на лабораторните анализи както и помещение за обеззаразяване и почистване.
Тук се извършват анализи за общ брой бактерии:
Съдържание на плесени и дрожди,Ешерихия коли, Колиформи, Стафилокок, Ентеробактерии, Псеудомонас аерогеноза и др.
Извършва се и тест за ефективност на консервант в козметични продукти.